目前确诊的最佳无创检查方法是心脏彩超，同时也是术后复查的最佳方法。它可以明确房间隔缺损的类型、位置、大小，并判断能否接受内科介入封堵治疗。但原发孔型房间隔缺损无法行内科介入治疗，确定诊断后应尽早外科手术治疗。手术应在体外循环下进行，以补片修补房间隔缺损。
继发孔型房间隔缺损：1岁以内的患儿，如果没有任何症状，没有频繁感冒、肺炎，喂养容易，生长发育正常，可不急于手术，有自行闭合的可能，可以每3个月复查心脏彩超，观察至1岁。1岁以上的患儿，一经诊断，即使患儿无明显症状也应手术治疗。目前主流的治疗方法有两种：内科介入封堵及外科开胸修补。术后患儿生长发育正常，可从事正常的工作和劳动。手术死亡率已降至1%以下。
内科介入封堵可治疗大部分的房间隔缺损，但原发孔型房间隔缺损、静脉窦型房间隔缺损、伴有部分或完全性肺静脉异位引流、左房内隔膜（即三房心）、心腔内下腔静脉或盆腔内血栓形成、伴有其他需要外科治疗的先天性心脏缺陷或大血管异常者、艾森曼格氏综合症、近期内有严重感染或体内有感染灶除外。
外科开胸修补适合任何类型的患者，但艾森曼格氏综合症、近期内有严重感染或体内有感染灶等情况除外。介入封堵与外科修补有一定区别，介入封堵只需一个穿刺针口即可完成手术，创伤小，美观，术后无疤痕残留，但存在一定的失败几率。
而且一旦失败往往需要急诊外科手术，使手术费用成倍增加。术后封堵器也会对心脏的传导束及心脏功能产生一定影响。外科修补需要胸部正中的开胸切口，术后残留手术疤痕，但适合任何类型的患者，是一种“万能方法”。两者相比手术费用差别不大。
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