前言
年09月欧易/鹿明生物合作客户天津医院何国伟教授团队在AmericanJournalofPhysiology-LungCellularandMolecularPhysiology发表了题为“ProteinBiomarkersandRiskScoresinPulmonaryArterialHypertensionAssociatedwithVentricularSeptalDefect:IntegrationofMulti-OmicsandValidation”的研究成果，通过蛋白组学和GC-MS代谢组学研究方法，探索先天心脏病中室间隔缺损伴有肺动脉高压（VSD-PAH患者）发生显著改变的途径并揭示其潜在的生物标志物。
中文标题：蛋白组学和代谢组学筛选室间隔缺损伴有肺动脉高压的标志物和风险因子
研究对象：人血浆
发表期刊：AmericanJournalofPhysiology-LungCellularandMolecularPhysiology
影响因子：4.
合作单位：天津医院
发表时间：年09月14日
主要运用欧易/鹿明生物技术：iTRAQ蛋白质组学和GC-MS代谢组学(由鹿明生物提供技术支持)
研究背景
先天性心脏病（CHD）是先天性畸形中最常见的一类，指在胚胎发育时期由于心脏及大血管的形成障碍或发育异常而引起的解剖结构异常，或出生后应自动关闭的通道未能闭合的情形。室间隔缺损（VSD）被认为是最常见的先天性心脏病。大多数冠心病具有特定的血液动力学，其中一些会发展为肺动脉高压（PAH）和其他并发症。近年来，对PAH导致细胞代谢，氧化应激，过氧化物酶体激活的受体-γ，性激素，炎症，去极化，Ca2+过载和细胞外基质等信号通路进行了深入的研究，但并未发现可靠的诊断和治疗的生物标志物。本研究进行了血浆蛋白组学和代谢组学分析，以探索VSD-PAH患者中显著改变的途径并揭示潜在的生物标志物。
研究思路
实验结果
1.蛋白质组学和代谢组学研究
iTRAQ蛋白质组学鉴定了62,个肽段和个蛋白。在个蛋白中，个蛋白显著变化（FC1.2或0.83）。三组分别有52（VSD-PAHvsVSD-control），68（VSD-PAHvsHealthycontrol）和42（VSD-ControlvsHealthycontrol）个差异蛋白被鉴定到（图1A）。其中，ECM（TSP1）、TKFC、血红蛋白（HBA，HBB）、补体蛋白（C1QA，C1QB，C1QC）和免疫球蛋白家族（IGHG3，IGHA1，KV）在VSD-PAH中显著差异表达（图1B）。纤维蛋白原家庭（FIBA，FIBB，FIBG）在VSD-Control组中显著上调表达，在VSD-PAH组中显著下调表达。在Healthycontrol组中，角蛋白家族（K1C10，K2C1）蛋白显著高表达。免疫球蛋白（KV，KV，IGJ，IGHM，IGKC，IGHD，IGHA1，IGHG3，HV，HV，HV，HV）在其他两个VSD组中显著低表达，表明健康对照组的受试者处于正常的免疫反应状态。此外，VSD-PAH和VSD-control中显著差异的top10蛋白分别是：PPM1L，HBA，HBB，NOE1，THIO，TFB2M，ETAA1，WFD11，KMT2D和MAGI1。
图1
蛋白组分析结果
（A）在3个比较组中的venny分析；
（B）在3个比较组中的差异蛋白；
（C）显著差异变化的top40蛋白水平表达柱形图；
（D）显著差异变化的top40蛋白水平表达柱形图。
GC-MS代谢组学鉴定出1,个特征峰和个代谢物，其中个为显著变化的代谢组；个在VSD-PAH和VSD-control中显著变化，个在VSD-PAH和Healthycontrol中显著变化，个在VSD-control和Healthycontrol中显著变化。
图2
代谢组分析结果
（A）PCA分析和OPLA-DA分析；
（B）在3个比较组中的差异代谢物venny分析图；
（C）聚类热图；
（D）显著差异变化的top40代谢物水平表达柱形图。
在VSD-PAHvsVSD-Control比较组中，52个蛋白显著变化，包括34个上调和18个下调蛋白（图3）。其中19个蛋白显著富集在KEGGpathway中，包括